本中心采用"三层级、多协同"的组织架构模式，构建了职责明确、运行高效的管理体系。整体架构由决策领导层、执行管理层和专业技术层组成，形成纵向贯通、横向联动的科研协作网络。

决策领导层：中心主任徐银海教授,全面负责中心发展战略制定、重大事项决策及资源统筹调配,主导中心科研方向规划与人才梯队建设。名誉主任顾兵教授,负责高端资源对接与外部合作拓展，建立与国内外顶尖机构的战略合作关系。

执行管理层：执行主任康海全副教授,主持中心日常运营管理，分管科研项目管理、成果转化应用及质量控制。具体监督各研究团队的进度考核与绩效评估。

专业技术层：病原诊断和智慧检验诊断两大平台

病原诊断设立三大核心研究组：

1. 细菌诊断研究组：聚焦细菌耐药机制与快速检测技术研发;

2. 真菌诊断研究组：开展真菌精准鉴定与药敏检测体系构建;

3. 病毒诊断研究组：致力于新型病毒检测技术与预警系统开发.

各研究组实行PI（首席研究员）负责制，配备专职研究人员和技术支持人员。研究组之间建立定期学术交流机制，促进多学科交叉融合。

运行保障体系：

1. 项目管理：实行全流程闭环管理，从立项评审到结题验收建立标准化流程;

2. 经费管理：构建多元化筹资渠道，设立专项经费监管制度;

3. 绩效评估：采用KPI考核体系，将科研成果转化率纳入核心指标;

4. 人才培养：实施"导师制"青年人才培养计划，建立阶梯式成长通道.

中心特别设立学术委员会，每季度召开工作会议，对中心研究方向、重大课题和人才引进提供决策咨询。同时建立校企联合实验室管理委员会，推动产学研深度合作。